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Urimarker 2020线上会议第二弹:探讨多组学方法与应用

   日期:2020-05-20     来源:互联网    作者:admin    浏览:8    评论:0    
核心提示:  2020年5月15日-17日,第二届尿液生物标志物网络研讨会(Urimarker 2020)线上直播召开。Urimarker 2020由北京师范大学与分析

  2020年5月15日-17日,第二届尿液生物标志物网络研讨会(Urimarker 2020)线上直播召开。Urimarker 2020由北京师范大学与分析测试百科网联合主办,基因工程药物及生物技术北京市重点实验室、中国医学科学院基础医学研究所协办,北京师范大学生命科学学院承办。分析测试百科网全程参与报道。

  大会第二日,清华大学邓海腾教授,威斯康星大学李灵军教授,中国科学院北京基因组研究所慈维敏研究员,国家蛋白质科学中心(北京)秦伟捷研究员,中科院大连化学物理研究所叶明亮研究员,上海易算生物科技有限公司CEO沈诚频博士,赛默飞世尔科技应用工程师史碧云,科爱出版社闫维,北京师范大学高友鹤教授分别带来精彩的大会报告。

清华大学 邓海腾教授

  清华大学邓海腾教授带来题为《肾脏衰老的生物标志物鉴定及干预》的精彩报告。肾脏衰老的组学研究涉及蛋白质组与代谢景观、生物标志物和治疗靶点、潜在的分子机制等。报告介绍了课题组在肾脏衰老的生物标志物鉴定及干预进行的相关工作,并例举了人类蛋白质组老化研究的系统回顾和分析揭示了一个新的蛋白质组老化时钟,并确定了随年龄变化的关键过程等研究。

威斯康星大学 李灵军教授

  威斯康星大学李灵军教授带来题为《Developing Mass Spectrometry-based Omics Strategies for Candidate Biomarker Discovery in Lower Urinary Tract Symptoms (LUTS)》的精彩报告。

  系统生物学中的质谱可以进行集成多组分分析。报告主要介绍了基于质谱的方法发展,如无标记蛋白质组学和代谢组学、等压定量标记技术以及在疾病生物标志物发现中的应用,如男性尿中BPH/LUTS的发现和尿功能障碍小鼠模型尿生物标志物的鉴定。

中国科学院北京基因组研究所 慈维敏研究员

  中国科学院北京基因组研究所慈维敏研究员带来题为《采用尿液液体活检技术进行泌尿系统肿瘤的诊断和分类》的精彩报告。

  液体活检技术三个重要的要素:检测物、检测指标、机器学习算法。报告指明尿液液体活检技术在泌尿系统肿瘤中的应用现状:缺乏临床可用癌的标记物;前列腺癌PSA检测广泛应用,但特异性差;膀胱癌主要针对单一标记物或者几个标记物的诊断方法,灵敏度特异度都不足。

  报告指出(1)尿液cNA的CNA图谱和原发肿瘤相关性很高,可以应用于肿瘤诊断;(2) Ucdetector对低分期分级肿瘤诊断准确率也很高,潜在可应用于早期诊断;(3) Ucdetector在不同患者人群中有泛化能力;(4)cfDNA的CNA图谱可以用于动态监测疾病复发和患者治疗反应状况。这几点概念上证明了 Ucdetector在尿路上皮癌诊断和动态监测中临床应用可行性!

  报告同时指出尚待解决的科学技术问题:在多类分类中总体准确率不高(70%),需要整合其他分类指标提升泌尿系统肿瘤分类准确率。

国家蛋白质科学中心(北京) 秦伟捷研究员

  国家蛋白质科学中心(北京)秦伟捷研究员带来题为《尿液及外泌体(糖)蛋白质组学新方法及应用研究》的精彩报告。细胞内50%以上的蛋白质存在糖基化修饰,参与蛋白质折叠、信号识别、细胞间相互作用等几乎所有的生命活动过程.其异常与多种人类疾病密切相关,如癌症、感染、炎症、免疫性疾病、代谢性疾病等。尿液作为血液经肾脏处理后的滤过产物,具有自身的独特优势。

  报告介绍了低丰度尿液糖蛋白/糖肽富集技术、快速、高通量样品处理技术/装置、快速、高覆盖的质谱数据处理策略等尿蛋白糖基化修饰规模化富集鉴定新方法及临床应用研究。

  报告还介绍了尿蛋白糖基化修饰生理丰度范围构建及其在肺癌标志物研究中的应用、体液外泌体蛋白质组新技术及应用研究、基于尿液外泌体蛋白质组的运动员训练和营养代谢水平监测。

中科院大连化学物理研究所 叶明亮研究员

  中科院大连化学物理研究所叶明亮研究员带来题为《新型疾病标志物筛选方法研究:位点特异性糖型的蛋白质组分析》的精彩报告。

  肿瘤发生发展过程中,很多糖链都发生了变化。报告介绍了完整糖肽鉴定方法进行位点特异性分析,酶解糖基化肽和完整糖肽在相同的LC-MS/MS下进行混合和分析。通过该方法进行肝癌血清的位点特异性糖型分析,共鉴定到1495个位点特异性糖型。

  糖肽鉴定的灵敏度有望提高:一是通过O-糖肽的丰度可增加辅助扩增导致具有相同核心聚糖结构的糖肽的聚集;二是糖肽在质谱中的裂解效率可通过唾液酸来提高。

  对于复杂的O糖鉴定,通过去N糖链,亲水色谱富集,束状CID质谱分析,电脑去糖基化等步骤实现肽段鉴定和糖链鉴定。利用这个方法,进行肝癌-正常血清的差异分析。

  糖基化蛋白质组更多侧重蛋白质浓度的差异或糖链浓度的差异,很少注重位点特异性糖型浓度的差异,而随着现在完整糖肽鉴定方法的成熟,位点特异性糖型筛选有网成为新型疾病标志物方法。位点特异性糖型疾病标志物筛选也面临着高重现分离分析、谱图解析及定量方法、经费支持等挑战。

上海易算生物科技有限公司CEO 沈诚频博士

  上海易算生物科技有限公司沈诚频博士带来的报告题目是《体液蛋白质组技术困难和解决思路》,主要内容包括样品处理一致性,色谱质谱检测稳定性和定量方法的探索。

  大样本量的体液蛋白质组分析存在诸多难点,在色谱方面存在色谱柱寿命、色谱柱柱效、大样本量出峰一致性等问题;质谱方面存在灵敏度和稳定性、质量精度、定量准确性等问题。如何提升色谱质谱检测稳定性?沈诚频表示,我们能提供一套检测方案,其基本思路是在每个检测样品中加入iRT标肽,每隔一定样品检测一次pool或标样(hela或293等),从而保证色谱质谱稳定性得到有效监控。

  沈诚频表示,未来还将在以下几方面进行更多的研究验证:1、在更多用户实验室验证前处理+大样本量QC流程效果和可行性;2、进一步优化PQ500适用体系范围,验证其大样本量定量效果;3、在更多实验室推广和验证DeepDIA可靠性和实用性;4、推出DeepDIA体液分析版本;5、补充并改进在体液数据库数据量及分析功能;改进宏蛋白质组定量方法。

赛默飞世尔科技应用工程师 史碧云

  赛默飞世尔科技应用工程师史碧云带来题为《Orbitrap高分辨质谱在尿液代谢组学研究中的应用》。

  代谢组学的应用范畴广泛,可谓包罗万象,利用或借鉴代谢组学"找差异”的思路,可开展诸如食品安全非法添加未知物筛查、反兴奋剂、食品组学等研究。代谢组学研究一般流程包括样品前处理、LC-MS数据采集、统计学分析、化合物鉴定、生物学分析、靶标验证。

  报告介绍了基于尿液的代谢组学示例研究,通过麻醉前/后进行尿液收集,离心去除细胞和碎屑等再进行前处理操作,尿液样本通过赛默飞LCMS平台进行数据采集。在数据处理方面首先要建立预期化合物,排除外源药物相关的干扰,然后对样本进行提峰、鉴定和代谢通路及差异分析,可获得统计分析结果、通路分析结果、关联通路结果等。在数据生产之外,赛默飞提供包括前处理、质谱、数据处理和数据挖掘等多组学完整解决方案。

科爱出版社出版人 闫维

  科爱出版社出版人闫维带来题为《如何在学术期刊上发表文章》的精彩报告,介绍了学术出版情况,投稿前关注问题,文章结构、语言和同行评论。

  学术期刊上发表的文章类型包括Full articles(实质性完整的全面研究),Letter or short communications(重要的、原创进展的早期、快速呈现),Review papers(综述,通常是被期刊邀请的对某一领域近期发展总结)。针对不同文章类型的引用情况是不同的,综述类文章不管是引用量还是引用时间都比另2类文章都高。在决定选择哪一类期刊后,文章作者要认真阅读Guide for Authors,根据这些具体要求排版、设计图标、排列参考文献,不仅为自己节省时间还为编辑和审稿人节省时间,留下非常好的第一印象。

  文章的结构:文章的题目、摘要和关键词很重要,能让人更好的被检索到;而文章主体部分也需要充分展示研究成果,尽可能简明地传达研究理念和新发现;结论、致谢、参考文献和补充材料,而不同期刊有不同的顺序要求。写文章的时候,建议作者首先要整理数据、制作图表;再描述方法和结果,围绕结果进行讨论,在此基础上得出结论;然后写引言、研究工作在这个领域的地位等;最后是题目摘要和关键词。

北京师范大学 高友鹤教授

  北京师范大学高友鹤教授带来题为《尿的潜力和给我们的启示》的精彩报告。

  高友鹤表示,在五年前召开的Urimarker 2015上,当时强调标志物是和疾病相关的变化,理论上尿液是早期敏感的标志物来源,而以往的文献有一些证据,某些标志物在尿里的表现比在血里好,其证明的路线图是通过动物模型,抗凝剂引起尿蛋白的变化比血蛋白的变化更大(李梦林)和尿膜保存方法等。

  现在我们对尿液的潜力有更深层的认识,用动物模型证明尿液能反映疾病的早期变化,可以反映非常早期,甚至早于血液,症状,体征,病理,影像等。各个器官的疾病都可以在尿液反映,包括肿瘤和神经退行性变。现在对尿液的敏感程度、区分能力和反映不同时间点都有了更深刻的认识。

  生理因素可以在尿里反应,病理因素更应该可以敏感早期地反应。高友鹤分享了通过尿液分析反映肝纤维化(早于血液)、糖尿病(早于血液)、多发硬化(早于症状)、皮下瘤(早于体征)、肺纤维化(早于病理)、脑胶质瘤(早于影像)、神经退行性疾病(早于症状病理)等不同方向的尿液研究模型。几乎每个模型在分析不同时间点的时候都会发现不同时间点的尿蛋白的差别,而疾病不同阶段有着不同的病理生理过程,就应该有不同的疾病标志物。

 
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